天和元年（一六一六）大超寺の前身大善寺開山の暁誉上人の弟子珍譽上人が開基したと伝わる。
伊賀の桜の名所として有名。春には大きなしだれ桜が見事に咲き誇る。このしだれ桜は松尾芭蕉の門弟で、この心念寺の住職であった杉野配力（すぎのはいりき）の名前にちなんで、「配力桜」と名付けられ、親しまれている。