開山以来二度の火災にあい、資料は焼失し、そのため開基は不詳。総檀中曰く「專念寺は由緒深淵にして、当時、年貢米も界隈随一であった」と。蓮門精舎旧詞には「上野念佛寺の末・・・開山幷由緒不知・・・」とある。判明しているのは、文政元年（1818年）8月再建されたが罹災し第15世確誉上人が天保九年（1838年）堂宇再建落慶する。平成五年（1993年）第24世覚誉浅良上人が本堂山門落慶する。現在の本堂・山門がそれである。